供应链的各成员企业参与供应链合作，最终目的是为了实现各供应链成员企业的共赢。实现共赢的衡量标准就是各自利益的获得，因此要保证供应链实现整合效应及共赢，就需要建立起一套合理、公正的供应链合作利益分配机制，做到公平、公正、科学合理。供应链上的各成员企业最初只追求自身利益的最大化， 同一条供应链上的各成员企业存在利益分配上的竞争，而整条供应链要高效运行，必然要使所有成员企业都满意，也就是通过合作使他们能够获得更多的收益， 满足最初的收益预期。只有通过公平合理的供应链利益分配机制，才能协调和保证各个合作企业的自身利益，并保证整条供应链的有效和稳定运行。

这里的供应链合作利益分配具体包括两个方面的含义：一方面是各成员企业能够共同分配因共同合作而产生的利润；另一方面是分配利润的同时，对于其中产生的费用要公平分摊，对于其中的风险要共担。只有处理好这两方面的关系，才能保证整条供应链的有效运行，以实现整条供应链的最大利益。进一步说，要实现供应链各成员企业的有效稳定合作，有两个最基本的前提条件：一是各成员企业合作后的供应链整体收益要大于各合作主体的收益之和；二是供应链各成员企业经过长期的合作后最终分得的收益肯定要比没有合作获得的收益多。这同时要求供应链的合作收益分配机制与其他一般性合作收益分配机制有所区别。

供应链合作利益分配具有三个特点：

一是合作利益分配复杂。供应链合作主体利益分配存在复杂性。因为整条供应链是由不同的成员企业组成的，这些企业在规模、资产投入、技术研发能力等方面都存在差异。这就要求在进行供应链利益分配时需要充分考虑这些差异因素的存在，并且要对这些差异因素进行充分评估。有些评估内容相对比较复杂，比如对成员企业的无形资产评估以及各成员企业对整条供应链总利润的贡献比例量化等方面。

二是合作利益分配要实现总体利益最大化。供应链合作主体利益分配合理、公正地进行要依据和参考各成员企业对自身产品或服务的定价。由于供应链合作成员之间建立了特殊的合作关系，其合作机制与其他一般性合作方式的利益分配是不同的。一般性合作方式利益分配主要看最终的总收益在各分配主体之间的比例分配，而供应链的合作分配则要求在保证各节点成员企业实现总体利益最大化的前提下，通过相互协调彼此的产品或服务的价格，来实现在各企业间的利益分配。

三是合作利益分配是多次博弈的结果。供应链合作主体利益分配机制是一个相互协商、长期博弈的过程。因为供应链是由多个成员企业组成的共同体，这些成员企业在规模、资金投入、技术支持等方面都存在差异，必然造成其在供应链上的地位和角色差异。而在进行利益分配时，利益分配不均经常存在。因此，只有通过不断地协商谈判，多次博弈才能最终得到各个成员企业都满意的分配结果。