农产品供应链各成员间的关系，本质上是为了追求各自的经济利益以及整体利益的最大化而形成的契约合作关系，各主体成员合作的前提是基于对利益获得的考虑， 因此在利益合作分配过程中要充分考虑价值规律。盈利始终是各合作主体首先考虑的要素，分配的最终结果要保证分配比例合适，各成员企业都获得自身预期利益。这就要求在具体的合作利益分配的实践中，要遵循一定的分配原则：

一是平等互利的原则。农产品供应链上的各成员企业虽然很复杂，在规模、资金投入、技术实力等方面存在差异，但在参与供应链的合作过程中，都追求地位的平等和角色的对等，以及平等地获得利益分配的权利，每个供应链合作成员都希望按照自身对整条供应链的贡献比例平等地参与利益分配，彼此能够互惠互利，最终达到促进共同发展的目的，任何一方通过侵占另一方的利益而多获得收益的做法都是不可取的。

二是公平兼顾效率的原则。农产品供应链各成员企业的利益分配不但要保证公平，也要兼顾效率， 力求在公平与效率之间寻求一种平衡。首先，供应链的整体利益实现离不开各成员企业的相互合作，他们之间需要的是一种团队合作精神，所以需要协调各成员之间的利益关系。在保证公平的前提下，还要兼顾效率，农产品供应链各成员企业在合作过程中，由于各自所处于的环节和所承担的风险和责任不同，那么所分得的收益也要体现出这种不同，也就是各成员的收益要尽量地与他们所承担的责任与风险相匹配。只有这样，才能更好地激励各成员企业为实现供应链的整体效益努力多做贡献。所以，供应链上各成员企业的利益分配要在保证公平的前提下兼顾效率，在公平与效率之间找到平衡，以实现最佳的利益分配。

三是“多赢”原则。农产品供应链由各种类型的成员组成，参与供应链合作的最终目的是获取各自的利益。这就要求在利益分配过程中，要保证各成员企业都能获得各自的预期利益，做到合理分配。同时能够继续保持这种合作关系。如果实际分配结果明显有利于其中的一方，这一方成员要从供应链的整体利益考虑出发，主动让出一部分利益以达到所有成员都满意的效果，使信任合作关系得以有效维持，实现整条供应链的整体收益最大化。