农产品供应链上各参与主体的自身条件不同，在整条供应链上所处的位置不同，各自的贡献比例不同，对风险的承担也有差异，这就要求在以上利益分配原则的基础上构建公平、公正、共享的合作利益分配体系。

第一，利益分配机制要以农户为中心。一方面，农户是整个农业产业化及组织化体系构建的起点之处，是关系到建设社会主义“新三农”体系的核心。在现有的农产品生产制度下，一定要基于农户这个点来研究其他相关制度的完善。另一方面，农户处于农产品供应链的初始端，相较于农产品供应链上的其他节点企业，缺少话语权，相对处于弱势地位。再一方面，农户是提供优质农产品的源头。在当前消费者对多样化、个性化及高品质农产品的需求背景下， 能否拥有高效稳定及优质的农产品原材料，决定着农产品加工和零售企业的市场地位。基于以上几点， 农户在农产品供应链体系中占据极其重要的地位，因此在合作利益分配中要尽力维护好农户的利益。

第二，实现农产品供应链整体利益最优。在农产品供应链各合作主体参与利益分配的过程中，要始终兼顾供应链上各方利益，因为供应链的利益获得是各个主体共同参与、共同努力的结果，如果缺失， 这种合作关系就会收到影响。供应链上的企业若只追求自身利益最大化，忽视合作伙伴的利益，那么这种合作必然导致供应链的断裂。只有实现供应链上利益最优才能使合作主体共赢并实现供应链的升级。作为农产品供应链上的核心主体， 农产品加工或零售企业在供应链的制定、协调和运作上起着主导作用，这就要求农产品企业和农户间要建立起长久的、科学合理的利益联盟，防止机会主义行为出现。只有这样，既维护了农产品企业自身的利益，又保证了农户的收益，才能实现供应链的整体利益最优。

第三，构建有效的契约组织形式。农产品供应链的有效运行， 其实质是供应链内部成员各个利益目标的一致和利益分配的合理。因此，如何利用利益杠杆调动内部企业的积极性，构建有效的契约组织形式是促进农产品供应链升级，使农户增收的关键。可以采用以下几种形式，一是将农户纳入企业的股份合作。以合资为基础的合作方式，最大程度地保证供应链的稳定性。二是建立战略合作伙伴，并实行激励机制。在一个财政年度结束后，企业按适当比例把一部分利润返还给农户。通过农产品利润的二次分配，会调动农民的积极性，使农民更加关心供应链的总体发展。此外，核心企业还可以采用免费扶持、反租倒包等利益机制与农户展开合作，形成彼此信任的良好机制，实现较为合理的利益分配。